pymol作图 |
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pymol作图
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利用pymol画出ΠΠ堆叠效果图以及距离： 在这之前要在pymol下面放一个名为center_of_mass.py的脚本，或者复制下面命令行保存成center_of_mass.py也可以。 关于放脚本的文件夹：我是用conda安装python38环境，center_of_mass.py放到 path\anaconda\envs\python38\Lib 下即可 ''' See more here: http://www.pymolwiki.org/index.php/center_of_mass DESCRIPTION Places a pseudoatom at the center of mass Author: Sean Law Michigan State University slaw (at) msu . edu SEE ALSO pseudoatom, get_com ''' #from __future__ import print_function from pymol import cmd def com(selection, state=None, mass=None, object=None, quiet=1, **kwargs): quiet = int(quiet) if (object == None): try: object = cmd.get_legal_name(selection) object = cmd.get_unused_name(object + "_COM", 0) except AttributeError: object = 'COM' cmd.delete(object) if (state != None): x, y, z = get_com(selection, mass=mass, quiet=quiet) if not quiet: print("%f %f %f" % (x, y, z)) cmd.pseudoatom(object, pos=[x, y, z], **kwargs) cmd.show("spheres", object) else: for i in range(cmd.count_states()): x, y, z = get_com(selection, mass=mass, state=i + 1, quiet=quiet) if not quiet: print("State %d:%f %f %f" % (i + 1, x, y, z)) cmd.pseudoatom(object, pos=[x, y, z], state=i + 1, **kwargs) cmd.show("spheres", 'last ' + object) cmd.extend("com", com) def get_com(selection, state=1, mass=None, quiet=1): """ DESCRIPTION Calculates the center of mass Author: Sean Law Michigan State University slaw (at) msu . edu """ quiet = int(quiet) totmass = 0.0 if mass != None and not quiet: print("Calculating mass-weighted COM") state = int(state) model = cmd.get_model(selection, state) x, y, z = 0, 0, 0 for a in model.atom: if (mass != None): m = a.get_mass() x += a.coord[0] * m y += a.coord[1] * m z += a.coord[2] * m totmass += m else: x += a.coord[0] y += a.coord[1] z += a.coord[2] if (mass != None): return x / totmass, y / totmass, z / totmass else: return x / len(model.atom), y / len(model.atom), z / len(model.atom) cmd.extend("get_com", get_com) 如下图所示，假设49PRO、50TRP两个残基有ΠΠ相互作用，想作图观看 任意选择每个环两个相对的原子，定义该环的几何中心
# 输入命令
import center_of_mass
com sele, object=p1 # 点击49PRO，环上相对的两个原子
com sele, object=p2 # 点击50TRP，环1上相对的两个原子
com sele, object=p3 # 点击50TRP，环2上相对的两个原子
set sphere_scale ,0.3 # 调节球的大小
注意图中右下角红框内，Selecting Atoms 才是选择原子
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3. 点击菜单栏 Wizard > Measurement， 在右下角出现Measurement，分别点击两个球就能得到两个环之心间的距离，距离的数值也会给出。 点击50TRP、49pro一栏中 L > residue (one letter)，会出现残基缩写+残基序号； 注意右下角Mouse Mode 3-Butoon Editing，出现Editing时，按住Ctrl + 鼠标左键，可以移动距离数值（4.8，5.8）以及残基缩写+残基序号，让图片更美观； 做完后点击Measurement 下面的done，以及点击 Mouse Mode 3-Butoon Editing，改成 Mouse Mode 3-Butoon Viewing 
4. 出图 输入下面命令得到下图：
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